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Die U13 besteht aus Spielern des Jahrgangs 2006. Der FC Eupen stellt in dieser Kategorie 2 Mannschaften auf.
Die U13-Mannschaften trainieren jede Woche Montag (18h00-19h30), Dienstag (17h45-19h15), Donnerstag (17h45-19h15) Freitag (18h00-19h30) und haben jede zweite Woche Montags (18h00-19h00) ein spezielles Techniktraining mit dem bekannten Techniktrainer Henk van Honing.